五军都督府起初为大都督府，由太祖皇帝朱元璋建立。

由中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府组成，是统领大明全国军队的最高军事机构。

兵部和五军都督府都听命于皇帝， 五军都督府有统兵权而无调兵权，兵部拥有调兵权而无统兵权。五军都督府和兵部相互节制互不统属。

土木之变后，五军都督府的权力很大程度上转移到了兵部。

五军都督府由大量的皇亲勋贵执掌，掌府官员尸位素餐。明代中后期五军都督府逐步失去了参政、议政权，变成受制于兵部执行命令的机构。

明朝末年，都司卫所任命官员连呈送五军都督府的步骤都直接省去，五军都督府彻底丧失了武将官员的选拔任命权。 军队操练、军事情报等无权干预，五军都督府实权削弱殆尽。

五军都督府权力的削弱和兵部权力的加重，表明明代的军事领导体制是以文制武，统一于文官的兵部。

军队应该是一个高度集中统一的武装集团，只有高度的集中统一才有较强的战斗力。统一于文官的兵部虽然不妨害皇帝的中央集权，又能增强军队战斗力。但这种领导体制并不完善，兵部对前线指挥干预过多就是其中之一。

大明朝廷分为中枢、地方、军事三部分。

明代初设中书省，有左右丞相，胡惟庸案之后，明太祖朱元璋罢中书省，分中书省之权归于六部，皇帝直接统领六部，将皇帝集权发展到了高峰。

明成祖朱棣成立内阁，内阁起初只是皇帝的咨政机构。仁宗、宣宗时期，大学士均因有太子老师的恩情，得以累加至太子三孤身份，地位日益尊崇。

宣宗时期，朝廷事无大小，宣宗均悉数谘询大学士杨士奇的看法而决定。虽然吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉召见时得以参与各部事宜，然而其远不如杨士奇等内阁成员，内阁的权力日益增大。世宗时期，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部，正式形成为大明的行政中枢 。

内阁辅臣一般封为太师、太傅、太保三公、少师、少傅、少保三孤或叠加中极殿大学士、建极殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、东阁大学士，职位崇高。人数为1人至7人不等，辅臣奉使出外办事，多自称阁部。

内阁之下设六部。