该学院的建立正值奥斯曼帝国的军事改革时期，帝国认识到培养更多受过教育的军官以实现军队现代化的必要性。

建立新军事秩序是苏丹马哈茂德二世（Mahmud II，1808–1839年在位）改革的一部分，其子苏丹阿卜杜勒迈吉德一世（Abdulmejid I，1839–1861年在位）继续推动了这一改革。

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奥斯曼帝国解体后，学校在土耳其共和国时期更名为土耳其军事学院（Turkish Military Academy）。

海军学院的起源可以追溯到1773年，当时苏丹穆斯塔法三世（Mustafa III）的大维齐尔和海军上将切扎伊尔利·加齐·哈桑帕夏（Cezayirli Gazi Hasan Pasha）在金角湾船厂创建了一所名为“海军工程”（Naval Engineering at Golden Horn Naval Shipyard）的海军学校。

法国军官兼奥斯曼军事顾问弗朗索瓦·巴伦·德·托特（Fran?ois Baron de Tott）被任命开设课程，教授平面几何和航海学。

课程在伊斯坦布尔卡斯姆帕夏（Kasimpa?a）停泊的一艘三桅战舰上进行，历时三个月，并包括商船队的民用船长。

该临时课程于1776年2月转为在陆地上的持续教育，成立了“海军数学学院”（Naval Mathematical College）。

随着学员人数增加，船厂的学院建筑被扩建。

1784年10月22日，学院更名为“皇家海军工程学校”（Mühendishane-i Bahr?-i Hümay?n），并在新建筑中开始了为期三年的课程。

从1795年起，训练分为甲板军官的导航和制图课程，以及海军工程师的海军建筑与造船课程。

1838年，海军学校迁至卡斯姆帕夏的新建筑中。

随着1839年改革的开始，学校更名为“海军学校”（Mekteb-i Bahriye），并在卡斯姆帕夏继续运作12年。

之后，于1850年最后一次迁至赫贝利岛（Heybeliada）。

在第二次立宪时期，1909年借鉴了皇家海军学院（Royal Naval Academy）改进了教育系统。

奥斯曼帝国解体后，学校在土耳其共和国时期更名为海军学院（Naval Academy, Turkey）。